因有呼吸之象，故喻为出入，其实无出无入，无不出亦无不入也。一呼而阳升，出玄也；一吸而阴降，入牝也。所以不曰升降，而曰出入者，因其消息全在门户，即“玄牝之门”也。“出清入玄”，较此更进一义。入牝而生玄，则谓之“入玄”；由玄而提上蓬莱第一峰，则谓之“出清”。总之，玄牝是真阴阳，真息呼吸，于无形中，运行周天：呼则由玄牝门户出而上升，吸则下降而入于玄牝门户。
真阳会真阴于玄门，真阴合真阳于牝户，内而坎、离交，外而道、义交。天心复处，是为玄牝。修道根基，全在于此也。
“若亡若存”四字，乃火候工夫。孟子之“勿忘勿助”，孔子“勿固、必、意、我”，以及尧之“安安”，文王之“雍雍”，周公之“止止”，皆是养气火候。忘之与存，即若有若无之义。调后天呼吸，以求真息，全在有意无意之间。盖有意着相，无心落空，皆不足以生药物，而立玄窍也。“出玄入牝”之时，亦要“若存若亡”。盖存之则过，亡则不及，皆不足以炼铅而抽汞也。
惟此四字，深合天然神息之旨，泯去知识，纯任自然，则造化炉中，自有相当火候，吕祖曰“丹灶河车休矻矻，鹤胎龟息自绵绵”是也。
绵绵不绝，固蒂深根
此二句紧接“若存若亡”而言。盖绵绵不绝，若断若续，若有苦无，即是若存若亡也。“绵绵”者，极长极细，上接性根，而下至命蒂，杳冥恍惚之中，无一息不达于踵之意也。《老子》曰：“绵绵不绝，用之不勤。”《胎息经》曰：“吐惟细细，纳惟绵绵。”皆调息之法，即所以“出玄入牝”之道也。日日如此，刻刻如此，行住坐卧，须臾不离，久久行持，根自深而蒂自固。根者，性根、天根也；蒂者，命也，地根也。
人生受胎，得乾元祖炁以为性，坤元元气以为命。性根即谷神之地；命蒂即真息之根，又谓长胎住息之乡。惟其出玄入牝，而根、蒂日以深固，性、命日以融和。及至根、蒂合一，则三转为一，而成胎矣。
此为第二章，统言修道下手工夫。盖大道简易，工夫无他。即此行持，便可登玉京，而逍遥天上矣。
人各有精，精合其神。
此章始言三品之来源，及元神妙用，以启下文“会三归一”之玄机，为本《经》中最紧要之文。且以先天元神、元气、元精，赅括后天之神、气、精，示人以“藉假修真”之道也。
“人各有精”一句，从后天形身成立之始言之。《易》曰“男女媾精，万物化生。”（见《系辞下》）《参同契》曰：“人之受生，体本一无，元精云布，因气托初。”盖人之初生，受炁于天以为性；秉气于地以为结胎之始，而性命合一为一太极。弥历十月，元精应感而入，据我中宫神室，作我主人，而生身矣。从此能食、能动、能言，能仁，能义，以至幼、少、壮、老，而死仍归空。数十年间，事业不知凡几，皆赖此身行之。
而推其始初，固由父母两情相合，感无形之炁，以成有形之身而已。有形之色身，由于有形之淫精结成；无形之灵炁，由于无形之理炁所赋；而后天知觉，则为元精主宰，启其关窍。此身实以精成。元精无形，亦为先天之物，在后天处，谓之“意识”。惟此意识，役使形顺而逞世间之欲，则可堕落无间；逆而泯世间之事，则可成圣作仙。后天此身，赖意识以为主人，不论智愚、贤不肖皆同。
人各有各之意识，即各有各之元精，佛家谓之“意生身”是也。“精合其神”者，言后天之人，元神已深藏于不睹不闻之中，而元精入我中宫神室，以主宰身心之动作。吾心之神，无所表现，唯以意动而表见之，故又谓之“识神”也。夫元神，本系虚空之体，混混沌沌，不识不知。元精感入，乃有知觉，而此不知不识之元神，遂隐沦于意识之中，终人之身，不复能见。唯既死之后，神仍返其虚无，故谓之“无生无灭”。
修道之人，必须复此元神，于是分而言之。其实元神无形无质，不可得见，必至虚极静笃，始可还其本来面目。故丹书又谓：“静为元神，动为元精。”此言“精合其神”，亦取是义。是盖谓元精入身，而合神于其中也。推其太极之理，神为一，而精为三；一居太极之中，而三居两仪之中。三之地位，即一之地位；一之地位，即五之地位。《契》曰：“三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。”缘一、三、五，皆太极之中心，化生万物之始气也。
元精在人，动而为意，意属中土，是一而三，三而五也。
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