剿匪成效,诏赴湖北委用。
四年,擢贵东道,率黔勇千人行次通城,而总督吴文镕战殁黄州,遂进援武昌。贼寻犯湖南,骆秉章调林翼回防,平安化土匪,擢四川按察使,寻调湖北。曾国籓既克武昌,檄林翼与罗泽南会攻九江,屯湖口,破贼梅家洲。五年春,擢湖北布政使。总督杨霈师溃黄梅,林翼率所部回援武昌,别以副将王国才一军隶之,未至,汉阳陷,会攻不克,屯沌口。武昌复陷,潜师渡江规武昌,为贼所围,兵少食尽,退金口。诏林翼署理湖北巡抚,杨霈奏令上扼汉川。林翼疏陈形势,宜急攻武汉,方能内固荆襄,上俞之。时武、汉、黄、德四郡皆为贼踞,后路崇阳、通城多伏莽,公私赤立,兵饷皆绌。林翼驰书四出乞贷,发家穀给军。添募兵勇,兼顾南北两路,凡数十战,时有克捷,亦屡濒於危。七月,攻克汉口镇,夺大别山贼卡。未几,援贼由汉川至,焚汉口。崇、通匪勾结武昌城贼,扑金口大营。诏念林翼素善用兵,勉以重整散卒。寻退奓山,饷绝兵溃,下部议处。林翼移营大军山,收集溃兵,驻新堤、嘉鱼。水陆合万人,半出新募,贼至常数万,军中夺气。林翼镇静相持,以忠义激励将士,始渐定。奏调罗泽南由江西来援,连克通城、崇阳,林翼自往迎之於蒲圻。合破援贼韦俊、石达开於咸宁,复其城。乘胜进攻武昌,自率所部普承尧、唐训方军由中路,罗泽南当西路,杨岳斌以水师会金口,总督官文亦令都兴阿率骑兵驻北岸。林翼和辑诸将,军势遂日振,屡战皆捷。
六年三月,罗泽南急攻城,伤於砲,骤卒。以李续宾代领其军,攻战不少辍。石达开自咸宁败后,窜江西,连陷数郡。曾国籓屡调罗泽南回援,不克往。林翼分遣刘腾鸿、普承尧两军赴之。诏以武汉久不克,督战急。林翼疏陈,略曰:“臣顿兵城下五月馀矣。血肉之躯,日当砲石,伤亡水陆士卒三千馀,丧将领罗泽南、周得魁百馀人,李续宾中丸堕马者数矣。夫兵易募而将难求,臣观前史,李左车告韩信,以顿兵城下,情见事绌为戒。战易攻难,自昔已然。故臣自四月后乃禁仰攻,分兵咸、蒲以取义宁,四战皆捷。分水师以清下游,直达九江。臣自率兵五千扼武昌南路,李续宾率六千三百扼洪山东,分剿北路。水师六营下驻沙口。贼由九江、兴国分路来援,臣豫拨三千馀人战於百里之外。微臣之志,誓与兵事相终始。万一变生意外,决不敢退怯苟且,自取羞辱。”文宗览奏,特慰勉之。
五月,贼於武昌城外豹子澥等处增垒掘壕,林翼抽调诸军击之,遂於要隘掘壕困贼。贼屡扑,皆击退。谍知九江贼古隆贤来援,已至樊口,先遣党数千进踞葛店。令蒋益澧率精锐迎击,战於葛店,大破贼,焚其舟。追至樊口,杨载福水师亦至,合击,毙贼数千。攻克武昌县城,遂渡江攻黄州。而石达开由江西窜江宁,复纠众上犯,分数路。七月,急调黄州军回援。贼由金牛趋葛店,古隆贤亦起应之。林翼督水陆军分御,连战於油坊岭、鲁家港、姚家岭、窑湾、沙子岭、小龟山,旬日内二十馀捷,擒斩无算,解散胁从万馀,追奔百馀里,至华容,贼悉遁。九月,杨岳斌追贼至蕲州,焚其舟,直抵田家镇。贼援既绝,添募陆勇五千,水师六营,为长图计。十一月,咨会官文克期大举。杨岳斌断拦江铁锁,焚贼船尽。贼倾城出扑,鏖战三时,大败狂奔,诸军逐之,遂复武昌。擒贼酋古文新等,骈诛数百人,生降四千。同日官文亦克汉阳。诏实授林翼湖北巡抚,加头品顶戴。遂分兵收复武昌县、黄州府及兴国、大冶、蕲水、蕲州、黄梅。令李续宾乘胜规九江,都兴阿、杨岳斌、鲍超屯小池口,自驻武昌筹全局。
上疏论军事吏治,略曰:“湖北军务不饬已久,无论贼之多寡强弱,闻警先惊,接仗即溃。上下相蒙,恬不知耻。误於使贪使诈,而实为贪诈所使。川、楚、河南勇目,招合无赖投效,以一报十,冒领口粮。交绥即败,又顾之他。帑项至艰,徒饱无赖欲壑。遣散不得其方,又相聚为盗。近年湖北募勇之大患,绿营则怯懦若性,正额虚浮,军政营制,荡然无存。此为兵事急应整顿之要。自古用武之地,荆襄为南北关键,武汉为荆襄咽喉。武汉有警,则邻疆胥震。四年之中,武昌三陷,汉阳四陷。东南数省,受害惟武汉为甚。夫善斗者必扼其吭,善兵者必审其势。今於武汉设重镇,则水陆东征之师,恃为根本军火米粮委输不绝,伤痍疾病休养得所。平吴之策,必先保鄂,明矣。保鄂必先固汉阳。湖北之失,在汉阳无备。下游小挫,贼遂长驱直入。应请於武汉设陆师八千,水师二千,日夜训练。平时有藜藿不采之威,临事有千里折冲之势。且东征之师,孤军下剿,苦战必伤,久役必疲。伤病之人,留於军中,不但误战,亦且误饷。若以武汉之防兵更番迭代,则士气常新,军行必利。此武汉宜急设防练之要。湖北莠民从贼者多,兵勇搜捕,徒滋扰害。惟有保甲清釐,族户綑献,分别斩释。然牧令不得其人,则法不能行。官吏之举动,为士民所趋向;绅士之举动,又为愚民所趋向。未有不养士而能致民,不察吏而能安民者。五年大熟,州县乃或报灾,六年大饥,州县转或徵赋。以丰为歉,是病国计;以歉为丰,是害民生,而终害於国计。歉岁官吏私收