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。成化三年，复设。率以本部尚书或都御史兼之。(《职官志》。 )
正德十一年，尚书王琼奏：“给事翟瓒言：‘十二团营请查照景泰、天顺、成化等年事例，添设或尚书、侍郎、都御史一员为总提督，会同操练，不妨以他务。’但查前项事例，于谦、马文升、刘大夏等俱以本部倚书不妨部事提督，王越以左都御史不妨院事提督。今欲添设一员专管提督，事体重大，伏乞圣裁。”得旨：“提督官不必添设。”(《明臣奏议》。 )
嘉靖二十年，始命刘天和辍部务，另给开防，专理戎政。二十九年，以总督京营戎政之印畀仇鸾，而改设本部侍郎协理戎政，不给关防。(《职官志》。 )
隆庆元年，帝以京营事重，改协理为阅视，以左都御史曹邦辅任之。已，从恭顺侯吴继爵言：复改阅视为提督。(《曹邦辅传》。 )
四年正月，罢京营总督，分设三大将，以侯、伯充总兵官。寻改提督，又用三文臣，亦称提督。九月，以文武六提督遇事各持意见，旬月不决。给事中温纯言其弊，乃罢之，仍设总理、协理二员。(《三编》。 )
万历八年十月，兵部尚书杨兆协理京营。因有诏协理归本部侍郎带管，兆遂疏辞协理，因裁之。(《明纪》。 )
天启初，坟设协理一人，寻革。崇祯二年，复增一人，以庶吉士刘之纶为兵部侍郎，充之。(《职官志》。 )○南京兵部
宣德十年，黄福为南京兵部尚书，始加参赞机务衔。(《三编》。文彬按：《明史黄福》传“宣德七年，福以户部尚书改官南京。明年，兼掌南京兵部。英宗即位，加少保，参赞南京机务。’故《三编》系之宣德十年。《职官志》及《续通典》皆云；“参赞机务自宜德八年黄福始。”盖沿《明史稿》，以兼掌兵部之年为参赞机务也。 )
福参赞时，尝坐守备李隆侧。杨士奇寄声曰：“岂有孤卿而旁坐者？”福曰：“焉有少保而赞守备者耶？”卒不变。然隆待稻甚恭，公退，发邓推福上坐。福亦不辞。(《黄福传》。 )
初，参赞之任不专属兵部。自成化中薛远，继以陈俊，遂为定制。(《陈俊传》。 )
成化二十年五月，改王恕南京兵部尚书。时钱能仍守备南京，语人曰：“王公，天人也。吾敬事而已。”恕坦怀待之。能卒敛戢。恕先後应诏陈事者二十一，建白者三十九，皆力阻权幸。天下倾心慕之。时谣曰：“两京十二部，独有一王恕。”(《王恕传》。 )
弘治十六年九月，南京兵部尚书韩文以米价翔贵，请发军饷三月。户部难之。文曰“救荒如救焚。有罪，吾自当之。”乃发米十六万石，米价为平。(《韩文传》。 )
正德中，刘机为南京兵部尚书参赞机务。流贼犯江上。众议择将。适都督李昂自贵州罢官至，机即召任之。昂以无朝命辞。机曰：“机奉敕有云：‘敕所不载，听便宜。’此即朝命也。”(《刘中敷传》。 )
乔宇为南京兵部尚书参赞机务。宸濠反，扬言旦夕下南京。宇严为警备。指挥杨锐有才略，署为安庆守备。镇守中官刘琅舆濠通，为豫伏死士。宇刺得其情，诘琅用事者。琅惧不敢动。宇乃大索城中，斩所伏壮士三百人，悬首江上。濠失内应，且知有备，不敢东。攻安庆，锐固守不得下。(《乔宇传》。 )
臧应奎为南京车驾主事。进贡中官索舟逾额，力裁损之。中官遣卒哗於部，叱左右执之，遁去。(《张洁传》。 )
时因南营耗散，从尚书吴文华请，给参赞旗牌，惰卒煽奸，得以军法从事，兼听便宜调兵。(《史稿》。 )○刑部尚书侍郎
洪武元年，置刑部，以周桢为尚书，盛元辅、张仁为侍郎。(《山集》。 )帝初即位，用法太严，奉行者重足立。桢定律令，吏士始知循守。其後数有厘正，皆以桢书为权舆云。(《周桢传》。 )
二年三月，甲寅，擢御史台经历刘希鲁为刑部尚书。(《大政记》。 )
四年正月，以刑部郎中刘惟谦为尚书，逾曰：“仁义者，养民之膏粱也。刑罚者，惩感之药石也。舍仁义而专用刑罚，是以药石养人，岂得为善治乎了”遂命惟谦详定《大明律》，每奏一篇，命揭两庑，亲加裁酌。(《昭代典则》。互见六十四卷引《圣政记》，命惟谦定律，在六年十一月。 )
十六年，开济为刑部尚书，以综核为己任，请天下诺司设文簿，日书所行事课得失。又各部勘合文移，立程限，定功罪。又言：“军民以细故犯罪者，宜即决遣。”数月间，滞牍一清。(《开济传》。 )
二十二年，以户部尚书杨靖与刑部尚书赵勉换官，逾曰：“愚民犯法，如啖饮食。设法防之，犯者益众。推恕行仁，或能感化。自今惟犯十恶并杀人者，死。余罪，皆舍输粟北边。”又曰：“在京狱囚，卿等覆奏，朕亲审决，犹恐有失。在外各官所拟，岂能尽当？卿等当详谳，然後遗官审决。”靖承旨研辨，多所平反。帝嘉纳之。(《杨靖传》。 )
三十年四月，升刑部给事中张恩恭为刑部右侍郎。(《大政记》。 )
刑部署尚书夏恕等请改反逆律，从汉法夷三族。帝曰：“古者，父子兄弟罪不相及。汉仍秦旧，其法太重。”却其奏不行。(《刑法志》。 )
正统三年十二月