击恩于郁州,为所执。桓玄厉兵训卒,常伺朝廷之隙,闻孙恩逼京师,建牙聚众,上疏请讨之。元显大惧。会恩退,元显以诏书止之,玄乃解严。
七月,诏以刘裕为下邳太守,讨孙恩于郁州,累战,大破之。恩由是衰弱,复缘海南走,裕复随而邀击之。
十一月,刘裕追孙恩至沪渎、海盐,又破之,恩遂自浃口远窜入海。
十二月,桓玄致笺于会稽王道子曰:“贼造近郊,以风不得进,以雨不致火,食尽故去,非力屈也。昔国宝死后,王恭不乘此威入统朝政,足见其心非侮于明公也,而谓之不忠。今之贵要腹心,有清流时望者谁乎?岂可云无佳胜?直不能信之。迩来一朝一夕,遂成今日之患。在朝君子皆畏祸不言,玄忝任在迩,是以披写事实。”元显见之,大惧。
张法顺说元显讨桓玄,以刘牢之为前锋。武昌太守庾楷密使人自结于元显,云:“玄大失人情,众不为用,若朝廷遣军,己当为内应。”元显大喜,遣张法顺至京,谋于刘牢之,牢之以为难。法顺还谓元显曰:“观牢之言色,必贰于我,不如召入杀之,不尔败人大事。”元显不从。于是大治水军,征兵装舰,以谋讨玄。
元兴元年正月庚午,下诏罪状桓玄,以尚书令元显为骠骑大将军、征讨大都督、督十八州诸军事、假黄钺,又以镇北将军刘牢之为前锋都督,前将军谯王尚之为后部,因大赦,改元,内外戒严,加会稽王道子太傅。除桓谦荆州刺史。东土遭孙恩之乱,因以饥馑,桓玄禁断江路,公私匮乏,以桴、橡给士卒。玄谓朝廷方多忧虑,或未必讨己,可以蓄力观衅。及大军将发,从兄太傅长史石生密以书报之。玄大惊,欲完聚保江陵。长史卞范之曰:“明公英威振干远近,元显口尚乳臭,刘牢之大失物情,若临近畿,示以祸福,土崩之势,可翘足而待,何有延敌入境,自取穷蹙。”玄从之,留桓伟守江陵,抗表传檄,罪状元显,举兵东下。檄至,元显大惧。
二月丙午,帝饯元显于西池,元显下船不发。
桓玄发江陵,至寻阳,不见官军,甚喜。庾楷谋泄,玄囚之。丁巳,诏遣齐王柔之宣告荆、江二州,使罢兵,玄前锋杀之。丁卯,玄至姑孰,使其将冯该等攻历阳,襄城太守司马休之婴城固守。玄军断洞浦,焚豫州舟舰。豫州刺吏谯王尚之帅部卒九千阵于浦上,遣武都太守杨秋屯横江,秋降玄军。尚之众溃,逃于涂中,玄捕获之。司马休之出战而败,弃城走。刘牢之军溧州,参军刘裕请击玄,不许。玄使牢之族舅何穆说牢之改图,时谯王尚之已败,人情愈恐,牢之颇纳穆言。牢之之甥东海中尉何无忌、子骠骑从事中郎敬宣均谏,不听。
三月乙巳,牢之遣敬宣诣玄请降。元显将发,闻玄已至新亭,弃船,退屯国子学。辛未,阵于宣阳门外。军中相警,言玄已至南桁,元显引兵欲还宫。玄遣人随后大呼曰:“放仗!”军人皆奔溃,元显乘马走入东府,惟法顺一骑随之。元显问计于道子,道子但对之涕泣。玄遣太傅长史毛泰收元显送新亭,缚于舫前而数之,元显曰:“为王诞,张法顺所误。”壬申,复隆安年号。帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师,称诏解严,以玄总百揆,都督中外诸军事,丞相、录尚书事、扬州牧、领徐州刺史,(荆、江二州非苏境不录。)假黄钺。玄以桓谦为尚书左仆射,桓惰为徐、兖二州刺史,卞范之为丹阳尹。初,玄之举兵,侍中王谧奉诏诣玄,玄亲礼之。及玄辅政,以谧为中书令。新安太守殷仲文闻玄克京师,弃郡投玄,玄以为咨议参军。刘迈往见玄,玄以为参军。癸酉,有司奏会稽王道子酣纵不孝,当弃市,诏徙安成郡,斩元显及东海王彦璋、谯王尚之,庾楷、张法顺,毛泰等于建康市。王诞流岭南。玄以刘牢之为会稽内史,牢之曰:“始尔,便夺我兵,祸其至矣。”刘敬宣请归谕刘牢之使受命,玄遣之.牢之怏怏不平,欲自班渎走据江北拒玄。使敬宣之京口迎家,失期不至。牢之以为事已遣,为玄所杀,乃率所部北走至新洲,缢而死。敬宣至,不暇哭,即渡江奔广陵。
四月,桓玄矫诏改元大亨,大赦。让丞相,改授太尉、都督中外诸军事,扬州牧、总百揆,以琅邪王德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳,各以子弟为质于秦以求救。秦主兴与之符信,使于关中募兵,得数千人,复还屯彭城。孙恩为临海太守辛景所破,赴海死,其党复推卢循为主。
太尉玄出屯姑孰,辞录尚书事,而大政皆就咨焉,小事则决于桓谦及卞范之。自隆安以来,中外之人厌于祸乱。及玄初至,黜奸佞,拔俊贤,京师欣然,冀得少安。既而玄奢豪纵逸,政令无常,朋党互起,陵侮朝廷,裁损乘舆供奉之具,帝几不免饥寒,由是众心失望。三吴大饥,户口减半。
八月,太尉讽朝廷以玄平元显功封豫章公,平殷、杨功封桂阳公,并本封南郡如故。玄以豫章封其子异,桂阳封其兄子俊。
太尉玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦之从兄朗之、刘袭、袭弟季武,皆刘牢之北府旧将。袭兄冀州刺史轨邀司马休之,刘敬宣、高雅之等共据山阳,欲起兵攻玄,不克而走.将军袁虔之、刘寿、高长庆等皆往从之,将奔魏,至陈留南,分为二派:轨、休之、敬宣奔南燕,虔之、寿、长庆等奔秦。